Dalam sejarah perjalanan sebuah fakultas, ada jalur “normal” yang biasa dilalui oleh banyak perguruan tinggi. Biasanya diawali dengan pendirian program studi Strata 1, baru kemudian sesuai dengan perkembangan kemampuan para tenaga pengajar maka dikembangkan menjadi strata 2 dan 3. Namun, Fakultas Ilmu dan Teknologi Lingkungan (FITL) menempuh jalur yang tidak biasa. 

Program Magister Lingkungan dan Perkotaan (PMLP) berdiri sejak 22 Nopember 2001, sebagai program studi di Tingkat strata 2 menjadi awal dari kesemuanya. Dengan niat untuk secara khusus mengembangkan orientasi akademik (Pola Ilmiah Pokok) Universitas Katolik Soegijapranata yaitu Eco-Settlement atau Eko Pemukiman, program ini pada awal mulanya mengumpul dosen-dosen yang memang memiliki perhatian secara khusus di bidang lingkungan hidup. Konsekuensinya, sejak lahir Program Magister Lingkungan dan Perkotaan didesain untuk menjadi program studi yang trans dan bahkan multi disiplin. Uniknya lagi, waktu itu dimungkinkan mengajukan usulan program studi tanpa harus dinaungi oleh fakultas tertentu. Namun, dalam perkembangannya karena jumlah program strata 2 semakin bertambah di kampus ungu ini, maka universitas kemudian membentuk Fakultas Pasca Sarjana untuk mewadahi semua program pasca sarjana di lingkungan Unika Soegijapranata.

Dengan bertambahnya Guru Besar di kampus ini, terutama yang terkait dengan kepedulian terhadap isu lingkungan hidup, serta didorong keinginan untuk melayani pengembangan ilmu yang lebih dalam, Unika Soegijapranata pada 9 Nopember 2017 mendirikan Program Doktor Ilmu Lingkungann (PDIL). Kedua program studi ini, Bersama-sama denga program pasca sarjana yang lain, masih di bawah sayap Fakultas Pasca Sarjana.

Perkembangan kebutuhan keahlian yang bergerak di industri infrastruktur serta keprihatinan terhadap dampak yang diakibatkan oleh Pembangunan infrastruktur yang tidak mengindahkan kondisi lingkungan, mendorong Unika Soegijapranata untuk melahirkan sarjana-sarjana yang tidak saja handal dalam menangani pekerjaan di dunia infrastruktur tetapi sekaligus juga dibekali dengan Tingkat kepedulian yang tinggi terhadap lingkungan hidup, dengan mendirikan program studi strata 1 Rekayasa Infrastruktur dan Lingkungan (RIL) pada 8 November 2018. 

Bersamaan dengan itu, secara internal ada keinginan dari masing-masing fakultas yang memiliki basis Strata 1 namun juga telah memiliki program studi strata 2 untuk “menarik kembali” program pasca sarjana yang mono disiplin kembali ke Fakultasnya masing-masing, maka keberadaan fakultas pasca sarjana menjadi tidak relevan. Di sisi lain, ada kebutuhan untuk menaungi ketiga program studi yang secara khusus berorientasi terhadap isu-isu lingkungan hidup. Maka dari itu, dibentuklah Fakultas Ilmu dan Teknologi Lingkungan untuk mewadahi tiga program studi di tiga jenjang yang berbeda.